1964 yılındayız. Bronx taki St. Nicholas kilisesi. Karizmatik Rahip Flynn (Philip Seymour Hoffman), korkunun ve disiplinin gücüne yürekten inanan Rahibe Aloysius Beauvier in (Meryl Streep) ateşli bir şekilde savunduğu katı gelenekleri yıkmak için çaba göstermektedir.
Ülkenin politik iklimindeki değişim rüzgarlarının kilise camiasını da etki altına almasıyla okula ilk kez Donald Miller adlı siyah bir öğrenci kabul edilmiştir. Geleceğe umutla bakan genç ve masum rahibe James (Amy Adams), Peder Flynn ile ilgili bir şüphesini Rahibe Aloysius ile paylaşarak Peder Flynn ın Donald a karşı aşırı bir yakınlık gösterdiğini anlatır. Bu iddia ve suçlama üzerine harekete geçen Rahibe Aloysius, gerçeği ortaya çıkartmak ve Peder Flynn ı okuldan attırmak için büyük bir mücadele başlatır.
Rahibe Aloysius artık Peder Flynn a karşı müthiş bir irade savaşına kilitlenmiştir. Bu mücadelenin hem kilise hem de okul üzerinde yıkıcı sonuçlar getirmesi tehlikesi vardır.